膜清洗频率与与预处理措施的完善程度是紧密相关的。预处理越是完善清洗间隔越长；反之预处理越简单，清洗频率越高。具体的清洗流程如下：
反渗透膜在4Bar(60psi)或更低压力条件下进行低压冲洗，即从清洗水箱中(或合适的水源)向压力容器中泵入清洁水并排放几分钟。冲洗水必须是洁净的、去除硬度、不含过渡金属(Fe、Mn等)和余氯的RO产品水或去离子水。

(2) 反渗透膜在清洗水箱中配制指定的清洗溶液。配制用水必须是去除硬度、不含过渡金属和余氯的RO产品水或去离子水。将清洗液的温度和pH应调到所要求的值。

(3) 启动清洗泵将清洗液泵入膜组件内，循环清洗约1小时或是要求的时间。在初始阶段，在清洗液返回至RO清洗水箱之前，应将最初的回流液排放掉，以免系统内滞留的水稀释清洗溶液。在化学药剂与RO装置接触后，装置内的污染物在化学反应的作用下会被大量冲出，为了避免污染清洗液，这些清洗液也应该被排放掉，直至清洗液颜色转淡再进入循环清洗。在循环清洗最初的5分钟内，缓慢地将流速调节到最大清洗流速的1/3。并在第二个5分钟内，增加流速至最大设计流速的2/3，最后再增加流速至最大清洗流速值。如果需要，当pH的变化大于0.5，就要重新添加药品调整pH值。

(4) 根据需要可交替采用循环清洗和浸泡程序。反渗透膜浸泡时间可根据制造商的建议选择1至8小时。在整个清洗过程中要谨慎地保持合适的温度和pH值。

(5) 化学清洗结束后，要用清洁水(去除硬度、不含金属离子如铁和氯的RO产品水或去离子水)进行低压冲洗，从清洗装置及相关管路中冲洗残留化学药剂，排放并冲洗清洗水箱，然后再用清洁水完全注满清洗水箱。从清洗水箱中泵入所有的冲洗水冲洗压力容器并排放。直至RO装置内的残留化学药品基本被清除。

(6)反渗透膜 采用清洁水完全冲洗后，就可用预处理给水进行最终的低压冲洗。给水压力应低于4bar，最终冲洗持续进行直至冲洗水干净，且不含任何泡沫和清洗剂残余物。通常这需要15-60分钟。操作人员可用干净的烧瓶取样，摇匀，监测排放口处冲洗水中洗涤剂和泡沫的残留情况。洗液的去除情况可用测试电导的方法进行，如冲洗水至排放出水的电导在给水电导的10-20%以内，可认为冲洗已接近终点；pH表也可用于测定冲洗水与排放水的pH值是否接近。

(7) 低压冲洗结束后，RO装置可以重新开始运行，但初始的产品水要进行排放并监测，直至RO产水可满足工艺要求(电导、pH值等)。这一段恢复时间有时需要从几小时到几天，才得到稳定的RO产水水质，尤其是在经过高pH清洗后。